中空纖維超濾膜在連續正常運行過程中，必須定時、定期進行各種方法的清洗。常用的清洗方法主要有下列幾種：
1、背壓反沖洗法：以潔凈的水，從超濾液側進入向正面進行沖洗，由于膜的正反方向耐壓程度不一，一般只能以低壓進行反沖洗，反沖洗強度不大，效果不大。必須選擇耐壓強度較高的膜，以較高的壓力，較大的流量進行反沖洗，效果好。沖洗時間30～60秒即可。
2、等壓水力沖洗法：關閉超濾水出口閥門，全開濃縮水出口閥門，使膜面流速增大，對去除表面附著松軟物質較為有效。
3、化學清洗法：根據膜表面污染物質的種類，選擇適當的化學藥品與之進行溶解、氧化或其他化學反應達到去除的目的。常用的化學藥品的選擇必須根據膜材料的性質選擇，如酸類、堿類、氧化劑、殺菌劑、表面活性劑以及加酶洗滌劑等。進行方法與正常超濾過程相同，清洗液自原液入口處進入，濃縮液及超濾液全部返回清洗液容器，循環后排放，以凈水洗凈即可。
